科研事业单位对开展技术咨询服务收取的劳务费预算会计应计入事业预算收入，选项A错误;
本年度财政直接支付预算指标数与当年财政直接支付实际支出数的差额，预算会计确认财政拨款预算收入，选项B错误;
单位对于纳入部门预算管理的现金收支业务，在采用财务会计核算的同时应当进行预算会计核算。不纳入预算会计的现金收支，比如收到应缴财政款项，不纳入部门预算管理的现金收支，选项D错误。